Cr 和 Rr 通常是指 Crr，指的是 Closed Reduction and Internal Fixation，即闭合复位与内固定。这是一种手术方法，用于治疗骨折或骨折后的骨骼问题。
拼音：rú rù bǎo shān kōng shǒu huí，简 拼：rrbsksh 成语解释：宝山：聚集宝物的山。象进入了宝山却没有拿到宝物空手回来一样。比喻本来应有很大收获，却是一无所获而归。成语出处：元·杨显之《酷寒亭》楔子：“正是当权若不行方便，如入宝山空手回。
shǒu huí，简 拼：rrbsksh 成语解释：宝山：聚集宝物的山。象进入了宝山却没有拿到宝物空手回来一样。比喻本来应有很大收获，却是一无所获而归。成语出处：元·杨显之《酷寒亭》楔子：“正是当权若不行方便，如入宝山空手回。
RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。DSS：该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计，依赖于bsseq包。
Trim Galore是一个结合了Cutadapt和FastQC的工具，专门用于去除高通量测序数据中的问题部分，尤其适用于RRBS文库。以下是关于Trim Galore的详细解释：质量修剪：目的：从read序列的3端修剪掉低质量碱基，以去除序列中的问题部分。作用：提高测序数据的质量，为后续分析提供可靠的输入。
质量修剪是第一步，从read序列的3端修剪掉低质量碱基，以去除序列中的问题部分。接着，Trim Galore使用Cutadapt去除接头序列，通过自动检测或手动指定接头序列实现这一过程。自动检测在前100万个序列中寻找标准接头序列，并打印结果供参考。Trim Galore提供选项允许用户覆盖自动检测行为。
Trim Galore 是对 FastQC 和 Cutadapt 的包装。2 trim_galore适用于所有高通量测序，包括RRBS（Reduced Representation Bisulfite-Seq ）， Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。
具体流程见 trim_galore去接头（并行处理） 命令为 config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单，总结下处理时遇到的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个，同时处理，是可行的。但最佳是不要超过300个样本，这好像是我的服务器能处理的最大量。
拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量 得到html文件，打开后如图 我们比较关心的数据信息 使用安装好的trim_galore去除质量的reads。
